Get Metadata on All Available Studies in a Database

Usage

available_studies(base_url = NULL)

Arguments

base_url: The database URL to query. If NULL will default to URL set with set_cbioportal_db(<your_db>)

Value

A dataframe of available studies and their metadata

Examples

# \dontrun{
set_cbioportal_db("public")
#> ✔ You are successfully connected!
#> ✔ base_url for this R session is now set to "www.cbioportal.org/api" 
available_studies()
#> # A tibble: 468 × 13
#>    studyId name  description publicStudy pmid  citation groups status importDate
#>    <chr>   <chr> <chr>       <lgl>       <chr> <chr>    <chr>   <int> <chr>     
#>  1 acyc_m… Aden… Whole-exom… TRUE        2368… Ho et a… "ACYC…      0 2023-12-0…
#>  2 acyc_f… Aden… Targeted S… TRUE        2441… Ross et… "ACYC…      0 2023-12-0…
#>  3 acyc_j… Aden… Whole-geno… TRUE        2686… Rettig … "ACYC…      0 2023-12-0…
#>  4 acyc_m… Aden… WGS of 21 … TRUE        2663… Mitani … "ACYC…      0 2023-12-0…
#>  5 acyc_m… Aden… Whole-geno… TRUE        2682… Drier e… "ACYC"      0 2023-12-0…
#>  6 acyc_s… Aden… Whole exom… TRUE        2377… Stephen… "ACYC…      0 2023-12-0…
#>  7 bcc_un… Basa… Whole-exom… TRUE        2695… Bonilla… "PUBL…      0 2023-12-0…
#>  8 all_st… Acut… Comprehens… TRUE        2573… Anderss… "PUBL…      0 2023-12-0…
#>  9 ampca_… Ampu… Exome sequ… TRUE        2680… Gingras… "PUBL…      0 2023-12-0…
#> 10 all_st… Hypo… Whole geno… TRUE        2333… Holmfel… ""          0 2023-12-0…
#> # ℹ 458 more rows
#> # ℹ 4 more variables: allSampleCount <int>, readPermission <lgl>,
#> #   cancerTypeId <chr>, referenceGenome <chr>
# }